El órgano de la iglesia de San Andrés debió consumirse en el pavoroso incendio que sufrió la parroquia en 1819. El 20 de noviembre de 1835, el organero Miguel Lozano desmontó el órgano del convento de la Merced y lo trasladó a la iglesia de San Andrés. La orden fue dada por el arzobispo y le fue comunicada por el párroco de la iglesia. Cobró por su trabajo 500 reales (17.000 maravedís).

Esta noticia nos permite afirmar que la intervención de Lozano, recogida en el secreto y parcialmente legible [“... por el artista D. Miguel Lozano / “año de 1835”], se limitó al traslado del instrumento y no a su factura, como se deduce también del montante económico percibido por el trabajo.

El órgano tuvo una intervención, sin fecha definida, por el organero Miguel Espínola Romero.

Desconocemos cuando se pudo poner la caja neogótica que actualmente posee, momento en el que debió sufrir una importante remodelación romántica, con la introducción de juegos de 8 pies como Celeste y Gamba.

El órgano tiene un teclado de 51 teclas y siete contras. Las etiquetas de los registros no son las originales y presentan la siguiente distribución:

BAJOS	TIPLES
Bajoncillo	Clarín
Octava 4	Celeste 8
Violón 8	Flautado violón
Quincena	Octava 4
Decinovena	Docena
Deciseptena	Flautín
Trompa real	Gamba 8
	Trompa real
	Trémulo

 

No sabemos en qué estado está el órgano en este momento y en qué grado se habrá visto afectado por las obras de rehabilitación integral del templo que se iniciaron en 2002 y que se abandonaron por falta de fondos. Reanudadas estas el pasado otoño, estaba previsto que la iglesia se reabriera el 31 de marzo, para que así la cofradía de la Entrada de Jesús en Jerusalén y Nuestra Señora de la Paz pudiera celebrar su estación de penitencia desde esta iglesia y conmemorar el centenario de la primera salida procesional de su titular desde la iglesia de San Andres, la cual tuvo lugar el 1 de abril de 1917. La cofradía anuncia en su página web que “lamentablemente las obras de restauración y rehabilitación... no estarán concluidas en tiempo necesario para procecer a la adecuación del templo para su reapertura al culto tras diecisiete años”.