El 24 de septiembre de 1559 tuvo lugar un auto de fe en la plaza de San Francisco. El desencadenante fue un núcleo luterano, del que formaba parte Juan Ponce de León, hijo del conde de Bailén, primo hermano del duque de Arcos y del señor de Fuentes, así como pariente de la duquesa de Béjar. Se construyeron, como era habitual, dos “theatros”, es decir estructuras de madera efímeras para acomodar en una de ellas a inquisidores, cabildo de la catedral, audiencia y frailes de San Francisco, en la otra a los penitentes con toda la clerecía de las distintas órdenes, en el cual había un altar. Había otras tres estructuras más: una para el cabildo de la ciudad, otra, al lado de la de los inquisidores, para la duquesa de Béjar “y otros marqueses y caballeros muy principales donde estaban muchas señoras con la duquesa de Béjar”, y una tercera, al lado de la de los penitenciados, “de otros condes y señores y muchas señoras principales”. Alrededor de toda la plaza se habían habilitado también “muchos andamios donde estaba gran multitud de gente”. Se narra que desde tres días antes habían llegado tantas personas a la ciudad que era imposible encontrar posada en ella y tuvieron que quedarse en el campo. También se construyeron andamios desde el castillo de San Jorge, sede del tribunal de la Inquisición, hasta el Arenal, para que allí se acomodasen los que asistieran a contemplar las procesiones de la santa cruz, celebrada la víspera, y la de los penitenciados. Se pusieron puertas al puente de las barcas para que este no se ocupara e impidiese “la vista de las naos y barcos que al derredor de la dicha puente estaban que era tanto de ver el río como el auto”. La comitiva que acompañó a los penitenciados, 80 “de hábito y candela” y luego 21  “quemados” con una estatua de uno que se había escapado, fue muy numerosa, con soldados, frailes, los cabildos de la ciudad y de la catedral y el personal de la inquisición, encabezada por la cruz de Santa Ana. El documento no nos proporciona información sobre la música característica que acompañaba al pregón y a las procesiones de la cruz y de penitenciados que seguro estaría presente dada la magnitud que alcanzó este evento.